Franciszkanie w Koninie pojawili się w latach dwudziestych XVII wieku. Pierwsze nieśmiałe próby osadzenia ich w tym mieście, podjęte w 1629 roku, poparł swoim pismem z dnia 28 września tegoż roku sam arcybiskup gnieźnieński Jan Wężyk.
Dyplom zatwierdzający decyzję arcybiskupa gnieźnieńskiego Jana Wężyka i króla Zygmunta III Wazy, dotyczącą lokacji konwentu reformatów w Koninie, wystawiono w dniu 15 marca 1631 roku. Wtedy też wystawiono akt erekcyjny dla utworzonego konińskiego konwentu franciszkanów-reformatów przy kościele św. Marii Magdaleny. W akcie tym król uzasadniał swoją decyzję osadzenia w Koninie reformackiego klasztoru oraz ogólnie określał jego przywileje, powinności i zasady funkcjonowania klasztoru wśród wiernych.
Głównym powodem tej nowej fundacji klasztornej, wyrosłej w pobliżu aktywnego ośrodka Braci Czeskich w podkonińskim Żychlinie, była realizacja królewskiego programu kontrreformacyjnego, aby osłabić wpływy innowierców w tym rejonie. Niemal wszystkie fundacje klasztorne z tego okresu to planowa działalność kontrreformacyjna króla i polskiego Kościoła.
Plac pod budowę kościoła i klasztoru podarował aptekarz koniński Szymon Bodewicz i szlachcic Stefan Modlibowski. Ofiarowany reformatom teren znajdował się na kaliskim przedmieściu miasta Konina, w obrębie podmiejskiej wsi Chwaliszewo. Zaraz też zakonnicy przystąpili do prac budowlanych i najpierw wystawili drewniany kościół, a później zabudowania klasztorne.
O szczegółach architektury czy wielkości budowli brak informacji, można jednak przypuszczać, że - ze względu na rygorystycznie przestrzegane przepisy statutów zakonnych - był on podobny do innych budowli reformatów w Polsce i powstał z drewna oraz gliny.
W tym okresie klasztor należał do wielkopolskiej prowincji św. Antoniego z Padwy. Drewniany kościół i klasztor nie przetrwały jednakże długo. Już w 1661 roku zabudowania spłonęły. Z ofiar różnych darczyńców z wolna zaczął powstawać nowy, tym razem już murowany kościół klasztorny. Uroczystego aktu konsekracji kościoła, głównego ołtarza i dwóch bocznych - Matki Bożej Łaskawej, św. Antoniego z Padwy - dokonał 31 maja 1699 roku biskup Hieronim Wierzbowski, sufragan poznański. Jednak prace wykończeniowe w obrębie świątyni trwały jeszcze kilkanaście lat, zakończyły się właściwie dopiero wtedy, kiedy powstały murowane zabudowania klasztorne, wybudowane w latach 1727-1733 staraniem księżnej Teofili z Leszczyńskich Wiśniowieckiej, kasztelanowej krakowskiej.
Nowa budowla była na tyle trwała, że przetrwała wszystkie zawieruchy dziejowe i z niewielkimi zmianami zachowała się do dnia dzisiejszego. Budowniczym był brat Mateusz Osiecki, twórca m.in. katedry w Łucku, kościoła w Osiecznej, kościoła i klasztoru w Woźnikach.
Po upadku powstania styczniowego, 1864 r. za czynny udział reformatów w walkach i popieranie narodowego zrywu, klasztor zamknięto, a reformaci zostali z niego usunięci i internowani w Kaliszu. Kościół klasztorny przeszedł pod opiekę księży parafialnych, a budynki klasztorne zostały zajęte przez żołnierzy rosyjskich z 13. kargopolskiego pułku dragonów, który stanowił stały garnizon miasta Konina. Wojsko miało być gwarantem porządku i bezpieczeństwa interesów rosyjskich w mieście i okolicach. Co stało się z zakonnikami po internowaniu, dokładnie nie wiadomo. Być może, podobnie jak zakonnicy kapucyni z pobliskiego Lądu, zostali zesłani na Syberię.
Do I wojny światowej nic ważnego nie zaszło w dziejach klasztoru. Wielki konflikt zbrojny pomiędzy państwami Ententy a Niemcami i Austro-Węgrami spowodował, że dotychczasowy gospodarz zabudowań klasztornych udał się na front, a w opustoszałych budynkach powstał szpital.
Po zakończeniu działań wojennych i odzyskaniu przez Polskę niepodległości, w roku 1919, franciszkanie powrócili do Konina. W tym roku bowiem biskup Stanisław Zdzitowiecki przekazał kościół pod zarząd oo. franciszkanów, a jego pierwszym przełożonym został o. Jan Milicki, prefekt miejscowego gimnazjum konińskiego i profesor łaciny. W części klasztornej, po usunięciu z niej szpitala, mieściła się najpierw szkoła powszechna, a później bursa dla gimnazjalistów. W takim stanie budowla reformacka przetrwała do wybuchu II wojny światowej.
Już w 1940 roku franciszkanie zostali ponownie usunięci z klasztoru. Było to częścią zakrojonejna szeroką skalę akcji wynaradawiania Polaków i walki z polskim Kościołem, którą prowadzili hitlerowcy. Część zakonników znalazła się w obozach koncentracyjnych, inni musieli się ukrywać przed okupantem realizującym politykę eksterminacji polskiego duchowieństwa oraz inteligencji.
W zabudowaniach klasztornych urządzono internat dla młodzieży hitlerowskiej, a w kościele szkołę. Zaczął się okres dewastacji klasztoru. W świątyni zniszczono wnętrze, wyburzono część pomieszczeń klasztornych oraz przylegającą od strony zachodniej kaplicę Matki Bożej, zmieniając dotychczasową bryłę klasztoru. Kaplicę tę odbudowano w 1999 r.
Po wyzwoleniu miasta w 1945 roku w zabudowaniach klasztornych rozpoczęły działalność dwie szkoły podstawowe oraz magazyny przedsiębiorstwa „Prasa–Książka–Ruch”. Powracający do Konina franciszkanie jako rekompensatę otrzymali położony w bliskim sąsiedztwie kościół protestancki i dawne mieszkanie pastora. Po przeniesieniu szkół do innych obiektów franciszkanie powrócili do zdewastowanego kościoła i części zabudowań klasztornych. Prace nad rekonstrukcją wnętrza kościoła trwały do 1956 roku, a nad odbudową zniszczonych ołtarzy do 1967 roku.
Odtworzono je na podstawie zachowanych zdjęć. W maju 1967 roku, zrekonstruowany staraniem zakonników i wiernych ołtarz główny poświęcił biskup Antoni Pawłowski.
Dwa lata później, w 1969 r. w kościele erygowano nową parafię pw. św. Marii Magdaleny, dokonując jednocześnie rozgraniczenia pomiędzy nią a najbliższą parafią św. Bartłomieja. Wszystkie zabudowania należące do zakonu ostatecznie zostały oddane do użytkowania zakonnikom w latach dziewięćdziesiątych ubiegłego wieku. Od tego czasu trwa gruntowny remont kościoła i klasztoru.